破解俗稱“白瓜貝”的深海蜆以及存活于其鰓中的化能自養(yǎng)細菌的基因組

圖中展示白瓜貝將足伸入沉積物以獲取硫化氫。及存由于血液中含有血紅蛋白用作輸送氣體,其鰓白瓜貝的中的自養(yǎng)足與外套膜均呈紅色,這是細菌一種應對低氧環(huán)境的適應方式。(浸大學生 胡俊彤 繪)
(神秘的因組地球uux.cn報道)據(jù)EurekAlert!:由香港浸會大學(浸大)領導的一項研究,破解了俗稱「白瓜貝」的白瓜貝杭州江干(美女上門服務)上門一條龍服務vx《749-3814》提供外圍女上門服務快速選照片快速安排不收定金面到付款30分鐘可到達深海蜆(Archivesica marissinica),以及存活于其鰓中的破解化能自養(yǎng)細菌(Candidatus Vesicomyosocius marissinica)的基因組。通過分析他們的深的基基因組及基因表達模式,研究團隊揭開了兩者的海蜆活于化共生關系,以及如何讓白瓜貝在深海的及存極端環(huán)境中生存的分子機制。
有關研究結果已發(fā)表于國際學術期刊《分子生物與進化》。其鰓
由于缺乏光合作用衍生的有機物,深海一度被認為是生命荒漠,只有極少量生物棲息。然而,白瓜貝經(jīng)常大量出現(xiàn)于全球深海的海底熱泉和冷泉區(qū)。在這些深海環(huán)境中,陽光無法穿透,而硫化氫等有毒物質(zhì)則從海床釋放。白瓜貝的腸道和消化系統(tǒng)已經(jīng)退化,依賴鰓表皮細胞內(nèi)的共生細菌通過「化能合成」的方式獲取能量與營養(yǎng)物質(zhì)。但這種共生關系從何時建立起來,以及白瓜貝與其共生細菌之間如何進行營養(yǎng)互補仍然不詳。
首次發(fā)現(xiàn)蜆與細菌間的「水平基因轉(zhuǎn)移」
由浸大生物系副系主任兼教授邱建文教授帶領的研究團隊,從南中國海一處1,360米深的冷泉區(qū)采集了白瓜貝樣本,然后對它及其共生細菌的基因組進行測序,探究兩者成功建立共生關系背后的基因組特征。
團隊發(fā)現(xiàn)早在1.28億年前的恐龍年代,白瓜貝的祖先已經(jīng)從它們的淺水近親分化出來。是次研究顯示白瓜貝基因組中含有28個基因是從化能自養(yǎng)細菌的祖先轉(zhuǎn)移而來。這是首次發(fā)現(xiàn)有基因通過「水平基因轉(zhuǎn)移」從細菌轉(zhuǎn)移至雙殼軟體動物。 「水平基因轉(zhuǎn)移」是把遺傳物質(zhì)在沒有遺傳關系的物種之間傳遞的過程。
研究還發(fā)現(xiàn)白瓜貝有著以下的特征,有利它們很好地適應極端的深海環(huán)境:
(一)化能合成作用
白瓜貝依賴「化學自營細菌」來制造生存所需養(yǎng)分。它們從海底沉積物吸收硫化氫,以及從海水吸收氧氣及二氧化碳,再轉(zhuǎn)移至鰓細胞內(nèi)的共生細菌,通過細菌的化能合成作用產(chǎn)生所需的能量及營養(yǎng)物質(zhì)。有關過程可參考圖1。
研究團隊發(fā)現(xiàn)白瓜貝體內(nèi)與呼吸作用和物質(zhì)擴散等細胞代謝過程相關的基因家族有所擴張。這些過程包括產(chǎn)生能量和碳合成過程所需的氣體輸送、共生體內(nèi)的微細分子和蛋白質(zhì)傳送,以及內(nèi)共生細菌數(shù)量的調(diào)控,有利宿主從共生細菌獲取足夠營養(yǎng)。
(二)不再以浮游植物為食物
浮游植物是海洋食物鏈的主要基層食物來源,纖維素酶則是一種能分解浮游植物纖維素的蛋白酶。團隊發(fā)現(xiàn)白瓜貝缺少纖維素酶基因,這可能是白瓜貝的祖先為適應由原本以浮游植物作為食物來源,變?yōu)橐揽考毦┙o養(yǎng)份所作出的演化。
(三)硫代謝途徑的適應
這種互惠共生關系的奧秘,亦隱藏于共生細菌的基因組。研究團隊發(fā)現(xiàn)白瓜貝鰓內(nèi)的共生細菌發(fā)生了明顯的基因組收縮,僅相等于自由生活的近親物種基因組大小的約百分之四十。然而,其共生細菌的基因組卻保留了完整和活躍的硫代謝途徑,以及合成20種常見氨基酸和其他重要營養(yǎng)素的能力。這些結果顯示出共生細菌所產(chǎn)生的能量和提供的養(yǎng)份,對于維持這種共生關系的重要性。
(四)攜氧能力的提升
血紅蛋白是一種在許多生物的血液和組織中均會發(fā)現(xiàn)的金屬蛋白。有別于脊椎動物,軟體動物通常不依靠血紅蛋白來攜帶氧氣。不過,研究團隊卻在白瓜貝體內(nèi)發(fā)現(xiàn)幾種高度表達的血紅蛋白基因,意味著白瓜貝有更高的攜氧能力,以提升在深海低氧環(huán)境中生存的能力。 。
邱教授說:「過去有關深海共生關系的研究,大多數(shù)僅集中在細菌上。這是首次同時對棲息于深海的蜆及其共生細菌的基因組進行系統(tǒng)研究。該研究旨在探索共生關系的多樣性以及深海共生體系的進化機制,從而了解無脊椎生物在深海極端環(huán)境生存的遺傳機制。」
這項研究由浸大和浸大深圳研究院的科學家,聯(lián)同香港科技大學南方海洋科學與工程廣東實驗室(廣州)香港分部、香港城市大學、日本國立研究開發(fā)法人海洋研究開發(fā)機構、中國科學院深海科學與工程研究所,以及廣州海洋地質(zhì)調(diào)查局共同進行。
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